De vereniging is opgericht door Willem Jan Schuttevaer (1798 - 1881) en Lucas Oldenhuis Gratama (1815 - 1887). Zij voerden van 1845 tot 1862 strijd tegen de hoge tolheffing voor het Zwolsche Diep. Turfschippers en andere kleine binnenvaarders werden hierdoor onevenredig getroffen. De vereniging ging zo van start als informele vereniging in 1849. Op 25 mei 1862 werd bij Koninklijk Besluit de bewuste tolregeling opgeheven. Dit besluit was opgesteld door minister Thorbecke. Gesterkt door dit succes richtten Schuttevaer en Gratama op 17 januari 1863 de Schippersvereniging ook formeel op, met de eerste als voorzitter en de tweede als secretaris. 19 april 1938 heeft koningin Wilhelmina de vereniging het Predicaat Koninklijk verleend.
De vereniging bestaat uit 21 afdelingen, verspreid over het land. Er is ook een Internationale Afdeling, die de nautisch-technische belangen in het buitenland behartigt. Elke afdeling heeft zijn eigen bestuur en behandelt veelal zaken in het hen toegewezen gebied zelfstandig, met inachtname van het door het hoofdbestuur uitgezette en door de algemene vergadering goedgekeurde beleid.
Het dagelijks bestuur is belast met het voorbereiden van het landelijk beleid van de vereniging en de bestuursvergaderingen en besluitvorming. De overige bestuursleden vormen, samen met het dagelijks bestuur, het hoofdbestuur.
De dagelijkse gang van zaken wordt bijgehouden door een landelijk secretariaat onder leiding van een directeur. Het is gevestigd aan het Vasteland in Rotterdam. Het ondersteunt de afdelingen, voert de landelijke ledenadministratie en is het centrale informatiepunt.
Samenwerking van afdelingen kan worden gevormd in regioverband. Een regioverband kan een eigen regiovoorzitter en secretaris benoemen. Op verzoek kan door het hoofdbestuur een regiovertegenwoordiger worden benoemd.
Sinds 2005 is voorzitter van de vereniging: Annemarie Jorritsma, die in deze rol baat heeft bij haar ervaring als minister van Verkeer en Waterstaat, minister van Economische Zaken en haar huidige functie voorzitter van de Vereniging van Nederlandse Gemeenten. De directeur is C.J. de Vries.
Beschermvrouwe is Koningin Beatrix.